Muzeum Ogrodu Botanicznego

Z Ogrodem są związane Muzeum Botaniczne i Pracownia Historii Botaniki im. J. Dyakowskiej to najstarsza muzealną kolekcją botaniczna w Polsce. Początek Muzeum sięga 1780 r, gdy Gabinet Historii Naturalnej zaczął zbierać okazy roslin. Muzeum znajduje się w Collegium Śniadeckiego. Muzeum zajmuje 4 sale o łącznej pow. 103 m2 na parterze Collegium Śniadeckiego. Pierwsze 2 sale zajmuje Muzeum Ogrodu Botanicznego UJ z planami, rycinami, portretami, szafami biograficznymi i kolekcja ,,drzewa i krzewy rosnące w Polsce próbki drewna, fragmnety pni, szafki dendrologiczne z 260 próbkami krajowych i tropikalnych gatunków drzew. 3 sala ma ,,nagozalązkowe'' czykli zbiór części (szyszek, próbek drewna) szpilkowych drzew i krzewów Polski i kolekcja szyszek, fotografii, makrostrobili, nasion sagowców i innycnagozalążkowych roslin z Ogrodu. 4 sala to ,,botanika tropikalna w Krakowie'' z eksponatami roslin z Jawy i sąsiednich wysp, Afryki, pnie palm i owoce tropikalnych roslin z Ogrodu, są tu pnie, owoce, nasiona, zielnik i wyroby rzemiosłą ludowego z  tropikalnych roślin użytkowych, liany i epifity, dendroflora Jawy, pasożytnicze rośliny kwiatowe Jawy, typy rozsiewania roślin sawannowych, roślinność gór Afryki Wschodniej.
Do kompleksu muzeów nalezy też Muzeum Paleobotaniczne Uniwersytetu Jagiellońskiego przy Kopernika 31. Zbiory pokazują ewolucje roslin we wszystkich okresach geologicznych. Muzeum ma szlify i preparaty mikroskopowe z ery paleozoicznej, mezozoicznej i kenozoicznej, pierwsze naczyniowe rośliny lądowe, paprotniki okresu karbońskiego, nagonasienne, pierwsze okrytonasienne z kredy, przedstawiciele flory trzeciorzędowej i czwartorzędowej, skamieniałe drewna, nomenklatoryczne rośliny kopalne. Zbiory zbierali m. in. Prof. Marian Raciborski, Zygmunt Holcer, Pani Dr. Hab Danuta Zdebska i Jan Zerndt.
Natomiast Muzeum Paleobotaniczne PAN na Lubicz 46 utworzono w 1953 r razem z powstaniem Instytutu Botaniki Polskiej Akademii Nauk w Krakowie, najstarsze okazy pochodzą z XIX w ze zbiorów Muzeum Komisji Fizjograficznej Polskiej Akademii Umiejętności. W Muzeum jest dokumentacja materiałowa większości prac paleobotanicznych opublikowanych przez prof. W. Szafera i dokumentacja  Instytutu Botaniki PAN, kolekcja jest uzupełniana podczas wyjazdów badawczych, są tu kopalne szczątki roslin,  odciski liści, niekiedy z zachowaną kutikulą, kopalne owoce i nasiona, szyszki, fragmenty pędów, owocowań, kopalne drewno, itp. W sumie jest to wiele tysięcy okazów, zebrano 80  typów nomenklatorycznych, na sali sa przedstawione etapy rozwoju roślin Polski od 200 milionów lat. Najstarsze zbiory pochodzą z jury z mezozoiku, najmłodsze sa współczesne, poza salą są pnie górnokarbońskich drzew sprzed 295 mln lat.