Ogród Botaniczny UJ to najstarszy ogród botaniczny w Polsce. Został zalozony w 1783 r, dziś ma 9,6 ha. Adres Ogrodu to Kopernika 27 obok Instytutu Botaniki UJ, muzeum paleobotanicznego, muzeum botanicznego oraz obserwatorium astronomicznego (Instytut Botaniki i obserwatorium zajmują 1 budynek Collegium Śniadeckiego). Ogród został wpisany do rejestru zabytków jako obiekt cenny przyrodniczo, historycznie, pomnik sztuki ogrodniczej i kultury.
Pierwszym jego działaniem była edukacja botaniczna na medycynie. Obecny rektor Kazimierz Stepkowski dał 5000 zł co umozliwiło rozpoczęcie pracy nad budową Ogrodu. Ogród powstał na miejscu ogrodu Czartoryskich, którego odkupili jezuici, potem teren został przekazany komitetowi Edukacji Narodowej, która w ramach reformy Akademii Krakowskiej załozyła Ogród jako zakład historii naturalnej i chemii. Początkowo zajmował 2,4 ha i był parkiem barokowym typu francuskiego, miał zbiór roslin leczniczych i ozdobnych, zarządzał nim Jan Jaskiewicz, w 1787 r załozono pierwsze szklarnie-tropikalna i chłodną, pod koniec 18 w ogród miał 3000 roslin, po 1819 r przyłączono teren ze stawem, powierzchnia powiększyła sie do 3,6 ha, wlatach 1826-27 powstała szklarnia tropikalna, podzielono też Ogród na działy tematyczne: systematyczny, roslin wodnych na stawie, alpinarium (rosliny górskie) i geograficzne dzialy roslin w szklarniach, bhyło wtedy 4000 roslin, w 1829 r zbudowano pawilony, budynki dydaktyczne, w 1833 r z inicjatywy dyrektora Alojzego Estreichera, w 1847 r stworzono Katedrę Botaniki, która była w Ogrodzie, w 1854 r dyrektorem i głównym ogrodnikiem został Józef Warszewicz, przywióżł on wiele roslin z Ameryki Środkowej i Południowej, było 9470 roslin, pspopularyzowano uprawę storczyków, powstało arboretum (część z drzewami i krzewami), za Józefa Rostafińskiego zbudowano Palmiarnie, dzis są w niej rosliny cebulowe, w 1857 r. zbudowany sztuczną wyspe na stawie po starorzeczu Wisły, gdzie dziś jest cyprysnik błotny Taxodium distichum, ma on pneumatofory, czyli korzenie powietrzne-służa wymianie gazowej, w latach 50 XX w obszar osiągnął 9,6 ha. W latach 1901-1912 zawaliła sie storczykarnia i spaliła szklarnia z roslinami obrazkowymi, stracono wtedy wiele okazów, w 1913 r dyrektorem został Marian Raciborski, badał on florę Polski i Jawy, założył on alpinarium geograficzne, dział genetyki i zmiennosci roslin, grupe geograficzna roslin krajowych pod Dębem Jagiellońskim. władysław Szafer nadał Ogrodowi obecny wygląd, po smierci prof. śniadeckiego był dyrektorem Ogrodu przez 30 lat, wyremontował Ogród, odbudował zniszczone szklarnie, w 1926 r oddał do uzytku kompleks szkalrni Viktoria, za jego kadencji powiększono palmiarnię do 4 m. Przyłączono sąsiednie działki, powstała pow. 6 ha, na jednej z nich powstał dział roslin leczniczych, w 46 r działki wóciły do właścicieli. W latach 33-37 zbudowano ssystem drenazowy w arboretum za stawem, gdyż wody gruntowe cząsto tam zalegały, zbudowano altanę, przedłuzono aleje do arboretum, zrobiono park krajobrazowy z roslinami z Wsch Azji i Płn Ameryki. Ogród przetrwał wojne, ale stracił 1200 gat. roslin, dzieki okazom z Ogrodu zrekonstruowano inne polskie Ogrody, w 1954 r zbudowano Holenderkę, czyli szklarnię holenderską, w której sa storczyki, w 58 r przyąłczono kolejne tereny-Ogród osiągnął 9,6 ha. W 64 r zbudowano Szklarnię Jubileuszową.
Obecnie są 3 szkalrnie: Viktoria, nazwana od wiktorii królewskiej Victoria amazonica czyli wodnej rośliny (hydrofita) z rodziny grzybieniowatych z Ameryki Płd.Szklarnia Jubileuszowa zbudowana z okazji 600-lecia Ogrodu i holenderską, która ma storczyki. Dział rośliny chronione ma polskie rośliny wymierająće, rzadkie, umieszczone w Polskiej Czerwonej Księdze Roslin, jest 259 gatunków roślin naczyniowych oraz mszaki, grzyby i porosty, przykłady szafran spiski Crocus scepusiensis, sniezyczka przebisnieg Galanthus nivalis, mieczyk dachówkowaty Gladiolus imbricatus. Dzieki Ogrodowi moga przetrwać.
Rośliny biblijne to dział z roslinami wymienionymi w Pismie Świętym.
Dział roslin wodnych ma rosliny wodne i błotne tropikalne-są w szklarni Victorii i Jubileuszowej, wodne i błotne rosliny stref umiarkowanych gł. polskie:grzybień biały Nymphaea alba, grzybieńczyk Limnanthemum nymphoides, kotewka orzech wodny Trapa natans pałka wąskolistna Typha angustifolia i szerokolistna T. latifolia, oczeret jeziorny Schoenoplectus lacustri, jeżogłówka gałęzista Sparganium ramosum, skrzyp bagienny Equisetum limosum, bobrek trójlistkowy Menyanthes trifoliata, salwinia pływająca Salvinia natans marsylia czterolistna Marsilia quadrifolia, hiacynt wodny Eichornia crassipes i wspomniany cyprysnik błotny.
Dział roslin ozdobnych ma rosliny ozodbne posadzone wzdłuz alejek i pomiedzy działami jak róże, irysy, dalie, któe podnosza estetykę i służa dydaktyce.
Rosliny lecznicze i inne rosliny uzytkowe czyli zioła, warzywa, owoce, przyprawy, rosliny włóknodajne, miododajne, barwierskie.
Dział systematyki roślin ma zebrane podgromady nagonasiennych Gymnospermae i okrytonasiennych Angiospermae oraz klasy jednolisciennych Monocotyledones i dwulisciennych Dicotyledones. są tu rosliny zielne, byliny, krzewy i drzewa flory Polski i innych krajów stref umiarkowanych.
Dział biologii roslin ma Dział genetyki orślin pokazuje on na zywo prawa Mendla, zmienność w przyrodzie i mechanizmy ewolucji, jest skierownay do uczniów szkół średnich, Dział ekologii kwiatów pokazuje proces zapylania kwiatów i budowę kwiatów oraz role części kwiatów, Dział morfologiczno-biologiczny pokazuje zjawisko rozsiewania nasion oraz cechy roslin przystosowuące je do środowiska.
Alpinarium ma rosliny górskie i skalne to grupa skalniaków, sa tu rosliny piaskowe, rola edukacyjna i ozodbna Alpinarium geograficzne ma rosliny górksie Europy pszonak pieniński Erysimum pieninicum i Wahlenberga Erysimum wahlenbergii oraz Melandrium zawadzkii ziołorosla ma wysokie rośliny zielne górskich, wilgotnych terenów, lepiężnik wyłysiały Petasites kablikianus, czosnek niedźwiedzi Allium ursinum i kaczeniec Caltha palustris, modrzyk górski Mulgedium alpinum, omieg górski Doronicum austriacum, smotrawa okazała Telekia speciosa, Wąwozy maja górskie rośliny cieniolubne, bergenia sercowata Bergenia cordifolia, rumianka japońska Pachysandra terminalis, cieszynianka wiosenna Hacquetia epipactis Alpinarium ozodbne ma drzewa, krzewy, byliny ciepłolubne iglaste i lisciaste, są tu pierwiosnki Primula sp. i gunnera Gunnera manicata.
Arboretum ma drzewa i krzewy, jest podzielone tematycznie na roslny z róznych kontynentów, sa drzewa i krzewy ozodbne, lilaki, klony, brzozy, dęby, drzewa i krzewy o barwnych liściach.
Klimat ogrodu, średnia temperatura to 8,5 (5,5 do 9,9 st. C), minimalna temperatura to -33, maksymalna 37,4, najcieplejszy miesiąc to lipiec-18 st. C, najzimniejszy styczeń -3, zima trwa 70 dni, intensywne procesy kwitnienia trwają 165 dni, temperatury pow. 0 trają 155 dni, średnie opady wynoszą 715 mm(od 420 do 900), dni z pokrywą śnieżną liczą od 35 do 114 dni, przeważaja wiatry północno-zachodnie, cały teren leży w dawnym położeniu Wisły, dziś 1,5 km od niej, częśc płn jest na terasie wyższej, płd zalewowej, terasa wyższa ma czwartorzędowe piaski i żwiry fluwioglacjalne z torfami, na zalewowej sa osady aluwialne-piaski, żwiry, namuły i torfy, wody gruntowe na wyższej są 6 m pon. gruntu, na zalewowej 3 m. dominuja gleby płowe i brunatne (cambisole) z utworów fluwiglacjalnych, czarne ziemie i mady (hydrosole) z aluwialnych, dzis dominuja hortisole-gleby ogrodnicze.